大批員的落馬，導致本就缺人的朝廷，出現了許多的空位。

尤其是是五品以下的朝，可以說所剩無幾，甚至於六科的員加起來都只有五個了。

朱由校也正好藉著這次機會，開始將皇明學院，以及北直隸學堂的學子貢生，安排進了朝廷。

隨後便開始了着手制度的改革。

羽林軍的後勤司和參謀司，正式為了朝廷的衙門，不只是軍隊中的編製了。

並正式立了軍部，與六部一樣獨立出來，直接對皇帝負責。

規章制度以及軍權的劃分也非常細緻。

兵部的兵權正式被剝奪，從此以後，兵部再也沒有管轄軍隊的權力，包括武舉以及練兵權。

基本上是恢復到了洪武年間的規劃，兵部只有核實軍功，以及對於軍隊增減規劃的權力。

其它的則都被劃分給了軍部，軍部的員也不在是文擔任，而是由立有戰功，老穩重的武將來擔任。

並且效仿了漢朝的重號將軍制度，凡是在軍部任職的，都會掛上新增的前後左右稱號的將軍印。

職定為正二品，與六部的尚書相比，不管是職責還是地位，都是相當的。

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